El procedimiento implica labores especiales que deben llevar a cabo un equipo de profesionales, ya que al momento de tratar de limpiar la fosa puede ocurrir una serie de accidentes derivados de los gases tóxicos e inflamables que contiene.

Dependiendo del uso que se le asigne a la fosa, se establecerá el tiempo específico para realizarle un mantenimiento. Este debe efectuarse cuando el nivel de residuos se encuentre a la mitad de la fosa para eliminar las capas de lodo, grasas y otros elementos acumulados, debido a que el lodo ayuda a la depuración de la fosa una vez que se vuelve a cerrar.